Для начала верхнее меню crm Битрикс24 находится в разделе crm и выглядит примерно так:

Все доступные настройки сводятся к тому, чтобы поменять порядок расположения пунктов в меню и скрыть ненужные.
Начать настройку можно если попытаться перетянуть какой-то из пунктов меню с зажатой левой кнопкой мыши. Либо нажимаем «Еще» > «Настроить меню«

После нажатия возле каждого пункта в меню появится значок карандашика. Если нажать на него, то откроется выпадающее меню с доступным списком действий.
Из действий доступно:
Сделать главной раздела — пункт меню переместится в начало. При этом каждый раз, заходя в crm, вы будете попадать в раздел, который будет стоять первым
Скрыть — пункт пропадет из видимой части и будет доступен в разделе «Еще»
Добавить в левое меню — пункт дополнительно появится в левом боковом меню
После того как вы упорядочили пункты в своем меню, нажмите завершить настройку.
Если хочется вернуть все в прежнее состояние — нажимаем пункт «Вернуть меню по умолчанию» — расположение пунктов вернется в прежнее положение. Но пункты которые вы поотправляли в левое меню так там и останутся, удалять их придется вручную.
Вот и все настройки. Как настроить левое (главное меню) можно прочитать здесь.